立法院於5月12日對《入出國及移民法》修法草案進行黨團協商。其中，第74-1條提高逾期居留和停留的罰款，折衷為1萬元以上至5萬元。對此，台灣人權促進會、宜蘭縣漁工職業工會、台灣國際勞工協會、桃園市群眾服務協會等多個民間團體發表了共同聲明，認為這一罰款金額對移工仍然過高。他們認為，這不僅無助於解決失聯問題，甚至會影響移工自願投案的意願。民間團體呼籲政府應該調整現行的移工治理法規和政策，以保障合理的勞動權益。

《入出國及移民法》修法草案保留了協商的條文，包括第22、29、36、65、74-1條。經過協商，第74-1條的修正意見獲得通過，將原本的罰款金額從原本提高15倍的3萬元以上至15萬元，折衷為1萬元以上至5萬元，相對現行規定提高了5倍。移工和人權團體表示，這一通過的條文是針對移工的歧視性修法。對於普遍低薪甚至處於強迫勞動狀態的移工來說，5萬元仍然是相對較高的金額。該條文對主要為失聯移工設定高額罰款，無法從根本上解決失聯移工問題。無法支付罰款的借貸失聯移工將無法承擔這一負擔，這可能降低移工自首的意願。移民署正在積極推動的「擴大逾期停（居）留外來人口自行到案專案」也將變得更加困難，同時增加政府查緝失聯移工現場的各種風險。

民團還提到，政府最近推出的「移工留才久用方案」已經開始導致越來越多的移工因無法申請或再次被仲介以高額「買工費」的方式收費，從而成為逾期停留的失聯移工。聲明中呼籲，只有透過勞動部在政策層面上的改革，建立符合國際人權、免於剝削和強迫勞動的制度，才是減少失聯移工問題的解決之道。

此外，經黨團協商後，第29條根據內政部修正的版本獲得通過，基於國家安全理由僅允許「合法居留」外國人進行請願和集會遊行，進一步限制了外籍人士的相關權利。

聲明中提到，由原本允許外國人參與請願和集會遊行，到僅開放「合法居留」外國人的參與，事實上非必要地剝奪了人權公約所強調的和平集會權利。對於目前以非法身份居住在台的難民或移工，民間團體認為，只有保障這些群體參與和平集會的權利，才能有效促進對外籍人士的治理措施，並提升人權狀況。

至於第36條和第65條經過協商後獲得修正意見通過，保障外籍人士在面對強制驅逐、申請停留、居留和永久居留的程序時享有律師陪同的權利。同時，在協商過程中刪除了「違反社會秩序之虞」的相關內容，對此民團表示肯定。